怎么探索lncRNA表达量的组织特异性

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公共数据库GTEx，The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project，首次被提出来是2013年，上百位科学家联名在Nature Genetics杂志发表的文章首次介绍了“基因型-组织表达工程”，并成立了“基因型-组织表达研究联盟”（Genotype-Tissue Expression Consortium，GTEx）以下简称“GTEx”）。

因为GTEx数据库直接提供RNA-seq的counts矩阵文件下载，从表达矩阵里面可以根据基因名字区分出来：

• 1368 个miRNAs,
• 10167 个lncRNAs
• 30441 个mRNAs

流程图如下：

列举这30个组织的特异性的表达，包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA

 

其它物种

留给大家搜索了，理论上很多物种也是有各个器官的表达量信息，包括芯片的以及测序的，包括mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白。

而且，现在不是单细胞水平的研究很流行嘛，理论上这个组织特异性可以进一步细化到细胞类型的特异性。

癌症领域

既然GTEx数据库的30余种组织，可以有特异性的mRNA，lncRNA，miRNA，那么TCGA数据库的不同癌症，理论上也有癌症类型的特异性的mRNA，lncRNA，miRNA。

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