转录因子的靶基因数据库是什么

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对于转录因子而言，我们最想知道的信息就是其对应的靶基因。转录因子相关数据库非常的多，有些数据库直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些数据库只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我们只能通过软件预测在基因的启动子序列上是否有对应的motif, 从而识别转录因子的靶基因。

TRANSFAC收费，而JASPAR的靶基因预测又需要一定的生信技能，有没有哪个数据库既免费，又直接提供了靶基因数据呢？

这种数据库肯定是存在的，比如之前介绍过的TRRUST等数据库，但是本文的主角是另外一个数据库，Harmonizonme。

将各个Resource来源数据库中的原始信息加以整理，得到更加直观，方便使用的数据集Datasets，然后将所有的整理好的信息存储在同一个数据库中，就得到了Harmonizonme数据库，网址如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/

目前该数据库包含来自66个Resources数据库，114个数据集datasets, 共有57620个基因，295496个属性，71927784个相互作用关系。分类情况如下

可以看到有非常多种类型的信息，本文只介绍转录因子的靶基因数据集，在官网首页，根据关键词检索相关的数据集，示意如下

最终可以检索到以下6个转录因子靶基因数据集

以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets数据集为例，链接如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets

该数据集是手工收集整理的转录因子靶基因数据集，示意如下

共包括201个转录因子的靶基因信息，点击每个转录因子，可以看到相关的靶基因，示意如下

除了在线浏览特定转录因子的靶基因外，还可以方便的下载该数据集，点击下图中红色方框标识的文件进行下载即可

该文件列数很多，前几列示意如下

source	source_desc	source_id	target	target_desc	target_id
SLC16A9	na	220963	ALX1	na	8092
SLC26A3	na	1811	ALX1	na	8092
ABHD17B	na	51104	ALX1	na	8092

这里的id指的是基因对应的Entrez Id, source值的是靶基因，`target值的是转录因子，通过该数据库可以方便的得到转录因子和靶基因之间的调控关系。

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