circRNADb数据库有什么用

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circRNA是一类新发现的ncRNA, 和线性的pre-mRNA相比，缺少了5’端帽子和3’端polyA等结构，其头尾相连形成一个闭合的环状结构,更加的稳定。

相关研究表明,环状RNA具有重要的生物学功能, 可以调控基因表达，作为miRNA sponge与miRNA结合, 也可以结合RNA binding蛋白，部分环状RNA还具有蛋白编码潜能,环状RNA的研究有助于我们进一步理解转录水平的复杂性。

circRNAdb是一个人类环状RNA的数据库，只收录了由exon反向剪切后形成的环状RNA,示意图如下

该数据库中收录的circRNA其头尾都对应线性环状RNA上的exon,网址如下

http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb/circRNADb.php

最新版的数据库中共收录了32914个circRNA, 不仅提供了染色体位置,序列等基本信息,还提供了蛋白编码潜能等注释信息。

通过导航栏的View All RNAs功能,可以直接查看所有的环状RNA信息,示意如下

点击红色的circ_id可以查看详细信息,以hsa_circ_00001为例,包含了以下结果

1. 基本信息

该数据库中的circRNA id前缀为hsa_circ, 后面以5位数字编号唯一区分，基本信息包含了染色体位置，正负链,来源基因,基因组长度, 对应的样本,示意如下

2. 转录本信息

根据环状RNA头尾的染色体位置,在RefSeq转录本中根据exon的位置进行查找。由于可变剪切的存在,一个环状RNA可能对应到多个转录本上,此时随机挑选一个剪切长度最长的即可。

3. 蛋白质编码潜能

给出了IRES和ORF的位置，示意如下

4. 参考文献

根据数据库中收录的所有circRNA,进行了一些简单的汇总分析

1. 染色体上环状RNA数量统计

2. 环状RNA外显子个数分布

3. 环状RNA长度分布

4. 环状RNA外显子位置分布

5. 同一基因对应的环状RNA个数分布

该数据库中的数据是可以免费下载的,为我们研究人类的环状RNA提供了一个参考。

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