R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的
本篇文章为大家展示了R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的，内容简明扼要并且容易理解，绝对能使你眼前一亮，通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。
成都创新互联是一家集网站建设,武宁企业网站建设,武宁品牌网站建设,网站定制,武宁网站建设报价,网络营销,网络优化,武宁网站推广为一体的创新建站企业，帮助传统企业提升企业形象加强企业竞争力。可充分满足这一群体相比中小企业更为丰富、高端、多元的互联网需求。同时我们时刻保持专业、时尚、前沿，时刻以成就客户成长自我，坚持不断学习、思考、沉淀、净化自己，让我们为更多的企业打造出实用型网站。
数据集的部分截图，总共是81行，52列，行是物种，列是地点，数值代表物种丰度
数据集下载链接 http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological/SPE_pitlatrine.csv
abund_table<-read.csv("pitlatrines/SPE_pitlatrine.csv",row.names=1,check.names=FALSE)
这里的参数
row.names=1指定第一列作为数据集的行名check.names参数我平时很少用，，查了一下帮助文档，作用是检查每列的名字是否符合规范
比如如下数据集
分别设置 check.names参数为T和F大家可以看下效果
abund_table<-t(abund_table)
# Convert to relative frequencies
abund_table <- abund_table/rowSums(abund_table)
library(reshape2)
df<-melt(abund_table)
head(df)
colnames(df)<-c("Samples","Species","Value")
library(plyr)
library(scales)
# We are going to apply transformation to our data to make it
# easier on eyes
#df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=scale(Value))
df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=sqrt(Value))
library(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(Species, Samples)) +
geom_tile(aes(fill = rescale),colour = "white") +
scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")+
scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) +
scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + theme(legend.position = "none",axis.ticks = element_blank(),axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1,size=5),axis.text.y = element_text(size=5))
p
上述内容就是R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的，你们学到知识或技能了吗？如果还想学到更多技能或者丰富自己的知识储备，欢迎关注创新互联行业资讯频道。
本文名称：R语言ggplot2两个离散变量画热图分别是怎样的
网站路径：http://6mz.cn/article/ijiheh.html