AmiGO2工具有什么用

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GO数据库的信息是非常庞大的，为了有效的检索和浏览GO数据库的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览，查询和下载对应信息，官网如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能，采用树状结构，提供了GO的层级分类信息，示意图如下
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鼠标单击某个对应的分类，会弹出如下对话框

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点击Term的链接，可以查看该层级下，所有的Gene Ontology 信息，而且可以下载，示意图如下

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通过树状浏览器，可以方便的根据功能对GO数据库进行筛选。

search功能，提供了3种数据的查询方法

在检索时，支持不同的筛选条件，而且可以自定义的下载数据。

该页面提供了物种的GO注释信息，页面如下

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在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤
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通过Download按钮可以下载数据。

该页面可以对所有Go Tems进行查询和筛选，示意图如下

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目前共有44997个Go Tems, 在页面右侧的菜单栏，可以根据Ontology source和SubSet进行筛选。

Ontology source 指的是GO的三大类型，通过+将对应的条件添加到筛选条件中，目前，BP共有29682个Go Tems;MF共有11120个GO Terms;CC 共有4195个Go Tems。

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Subset 代表Go slim, 指的是Go 数据库的子集，可以根据研究物种的范围筛选合适的Go skim。

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筛选完成后，可以通过Custom DL下载对应结果，一次最多下载100000条记录。点击下载按钮，首先选择需要下载的列，这里我选择如下3列

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得到的数据如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO编号，第二列描述信息，第三列分类，通过这种方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

该页面提供了基因产物和GO之间的对应关系，示意如下

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在页面右侧的菜单栏, 可以根据如下条件对结果进行过滤
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除了以上基本功能外，AmiGO2 还提供了很多实用的小工具，比如Visuzlize功能，可视化的展示某个Go Terms 在整个GO 数据库中的位置。

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在输入框输入GO编号就行了，示意结果如下
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会画出输入的Go Terms到根节点的结构，更多的功能请移步官网。

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