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sed 命令从文本或者标准输入中每次读入一行数据。

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我们先从简单的实例出发，看下该命令怎么将一列中的 chrm12 , chrom2 等转换成 chr12 ， chr2 的格式。

虽然示例文件处理仅仅只有三行，但我们可以将这种处理方式运用到上G甚至更大的数据文件中，而不用打开整个文件进行处理。并且，可以借助重导向实现对数据处理结果的输出。

sed 替换命令采用的格式是

sed 会自动搜索符合 pattern 的字符串，然后修改为 replacement （我们想要修改后的样子）。一般默认 sed 只替换第一个匹配的 pattern ，我们可以通过添加全局标识 g 将其应用到数据的所有行中。

如果我们想要忽略匹配的大小写，使用 i 标识

默认 sed 命令支持基本的POSIX正则表达式（BRE），可以通过 -E 选项进行拓展（ERE）。很多的Linux命令都这种方式，像常用的 grep 命令。

再看一个实例，如果我们想把 chr1:28647389-28659480 这样格式的文字转换为三列，可以使用：

我们聚焦在第二个命令 sed 上。初看杂乱无章，但是从最大的结构看依旧是

先看 pattern 部分，这是由几个简单正则表达式组成的复合体，几个 () 括起来的字符串可以单独看。第一个匹配 chr 加上一个非冒号的字符，第二个和第三个都是匹配多个数字。最开始的 ^ 表示以 chr 起始（前面没有字符），各个括号中间的是对应的字符。整体的 pattern 的目的就是为了找到文本中符合这种模式的字符串，如果只是想把这个模式找出来的话，几个括号可以不用加。显然这几个括号的作用就是将它们划分成多个域，帮助 sed 进行处理。可以看到 replacement 部分存在 \1 , \2 , \3 ，它恰好对应 () 的顺序。这样我们在中间插入 \t 制表符，就可以完成我们想要的功能：将原字符串转换为三列。

我本身对字符串并不是非常熟悉，懂一些元字符，可能讲解的不是很到位。不熟悉正则表达式的朋友，可以学习和参考下 学习正则表达式 ，是我从Github上Copy到的非常好的学习资料，有兴趣也可以Fork学习。

上山的路总是有很多条，我们下面看下其他实现该功能的办法：

这三种方式看起来都非常简单有效。它处理字符串的思路不是从匹配pattern然后替换入手，不对，应该说是不是从匹配所有pattern然后替换入手。处理的关键是只处理字符串中看似无用的连字符 : 与 - ，将其替换成制表符从而轻松完成分割。

sed 's/:/\t/' | sed 's/-/\t/' 可以通过 -e 选项写为 sed -e 's/:/\t/' -e 's/-/\t/' ，效果等价。

默认 sed 命令支持基本的POSIX正则表达式（BRE），可以通过 -E 选项进行拓展（ERE）。很多的Linux命令都这种方式，像常用的 grep 命令。

再看一个实例，如果我们想把 chr1:28647389-28659480 这样格式的文字转换为三列，可以使用：

我们聚焦在第二个命令 sed 上。初看杂乱无章，但是从最大的结构看依旧是

先看 pattern 部分，这是由几个简单正则表达式组成的复合体，几个 () 括起来的字符串可以单独看。第一个匹配 chr 加上一个非冒号的字符，第二个和第三个都是匹配多个数字。最开始的 ^ 表示以 chr 起始（前面没有字符），各个括号中间的是对应的字符。整体的 pattern 的目的就是为了找到文本中符合这种模式的字符串，如果只是想把这个模式找出来的话，几个括号可以不用加。显然这几个括号的作用就是将它们划分成多个域，帮助 sed 进行处理。可以看到 replacement 部分存在 \1 , \2 , \3 ，它恰好对应 () 的顺序。这样我们在中间插入 \t 制表符，就可以完成我们想要的功能：将原字符串转换为三列。

我本身对字符串并不是非常熟悉，懂一些元字符，可能讲解的不是很到位。不熟悉正则表达式的朋友，可以学习和参考下 学习正则表达式 ，是我从Github上Copy到的非常好的学习资料，有兴趣也可以Fork学习。

上山的路总是有很多条，我们下面看下其他实现该功能的办法：

这三种方式看起来都非常简单有效。它处理字符串的思路不是从匹配pattern然后替换入手，不对，应该说是不是从匹配所有pattern然后替换入手。处理的关键是只处理字符串中看似无用的连字符 : 与 - ，将其替换成制表符从而轻松完成分割。

sed 's/:/\t/' | sed 's/-/\t/' 可以通过 -e 选项写为 sed -e 's/:/\t/' -e 's/-/\t/' ，效果等价。

默认， sed 会输出每一行的结果，用 replacement 替换 pattern ，但实际中我们可能会因此得到不想要的结果。比如下面的这个例子。

如果我们想要抓出 gtf 文件第九列的转录名，可能会使用以下命令

我们可以发现一些没有转录名行的结果是输出整行，这可不是我们想要的。一种解决办法是在使用 sed 之前先抓出有 transcript_id 的行。其实 sed 命令本身也可以通过选项和参数设定解决这个问题，这里我们可以用 -n 选项关闭 sed 输出所有行，在最末的 / 后加 p 只输出匹配项。

注意方括号内 ^ 是非（取反）的意思。

解释如下：

+ 号的使用是一种非贪婪的方法。很多新手会用 * ，这是贪婪操作，往往会得不偿失，需要注意喔。

使用 * 时它会尽量多地去匹配符合要求的模式。

我们也可以用 sed 命令来获取特定范围的行，比如说我要取出头10行，可以使用

20到50行

当然 sed 的功能特性远远不止这些，有待于大家更多地挖掘。不过需要注意的是，尽量让工具干它最擅长的事情。如果是复杂地大规模计算，还是最好写个Python脚本。

首先需要记住 连续 命令和 管道 命令的区别：前者是简单地一个一个按顺序运行程序（一般用 或者 ; ）；后者前一个程序的输出结果会直接传到下一个命令程序的输入中（这不就是流程化操作么，用 | 分隔）。

子shell可以让我们在一个独立的shell进程中执行连续命令。

首先看个例子

发现仅仅加了个括号，结果就不同了。第二个命令就用了子shell，它把两个 echo 命令放进单独的空间执行后将结果传给下游。

子shell在对 gtf 文件进行操作时有个非常有意思有用的用处。我们如果想对 gtf 文件排序，但是又想要保留文件头部注释信息，我们就能够用两次 grep 操作分别抓出注释和非注释信息，然后又把它结合在一起。下面看看效果，用 less 进行检查：

可以看到，子shell确实能够给我们提供非常有用的操作去组合命令实现想要的功能。

很多生信命令行工具需要提供多个输入和输出参数，这用在管道命令里可能会导致非常低效的情形（管道只接受一个标准输入和输出）。幸好，我们可以使用命令管道来解决此类问题。

命名管道 ，也成为FIFO（先入先出，额，这不是队列么:smile:）。它是一个特殊的排序文件，命名管道有点像文件，它可以永久保留在你的文件系统上（估计本质就是文件吧~）。

我们用 mkfifo 来生成它

可以它看它权限的第一个字符是p，指代是pipe。说明是个特殊文件。

我们像文件一样对它进行一些操作

比如当使用一个生信命令行工具

in1.fq in2.fq 就可以上游输出数据到 processing_tool 的命名管道；同理 out1.fq out2.fq 可以是命名管道用来写进输出数据。

但这样我们每次都得不停地创建和删除这些文件，解决办法是使用匿名管道，也叫进程替换。

不能光说，看看例子就知道和理解了。

echo 命令运行后使用了进程替换，产生匿名文件，然后匿名文件被重导向 cat 命令。

把它用到工具上，就变成了(假定上游zcat下游执行grep命令)

关于Linux数据处理工具内容全部整理发布在我的博客上。 详情点击

linux awk命令详解

;     awk命令是linux下的一个文件管理命令，通常是用于文本和数据进行处理的编程语言，awk命令主要有两个功能，具体介绍如下：

1、awk命令可以在linux/unix下对文本和数据进行处理;

2、awk命令支持用户自定义函数和动态正则表达式。

参考范例：

比如打印每一行的第二和第三个字段，具体命令为：

[root@linuxcool~]#awk'{print$2，$3}'file

awk命令的具体语法格式为awk[参数][文件]。

参数：

-F指定输入时用到的字段分隔符

-v自定义变量

-f从脚本中读取awk命令

-m对val值设置内在限制

以上就是的分享了，希望能够帮助到大家。

本文章基于ThinkpadE15品牌、centos7系统撰写的。

Linux常用命令

1.grep：找出文件中含有关键字的行

2.cat:读取，显示或拼接文件内容

3.head:查看文件前多少行，默认为10行

4.less:使文件内容可以翻页显示，按q退出观看模式

5.sed :文本替换

6.vi:创建文件并写入内容

点击键盘上的“i”键，进入编辑状态 ，如果看到底部出现“插入”两字，表示成功进入编辑状态，此时就可以在文件中输入你想要输入的内容了

输入想插入的内容，输入完成后点击键盘上的“esc”键，退出编辑

输入:wq,点击回车，退出并保存

查看刚才是否些文件成功

7.%操作符，#操作符：根据拓展名切分文件名，“名称.扩展名”

有一些脚本是依据文件名进行各种处理的。我们可能会需要在保留扩展名的同时修改文件名，转换文件格式或提取部分文件名。

linux：文本处理系列-1.行截取

（自己）常用的文本文件的行处理命令

示例文件：test.vcf

1、head -n 10 test.vcf

head : 默认是提取文件的前10行，-n 参数可以设定选择文件的前n行

2、tial -n 10 test.vcf

tail : 默认是提取文件的末尾10行， -n 参数可以设定选择文件末尾的n行

3、sed -n '10,20p' test.vcf

sed -n ： 随意选择需要查看的行

sed命令是一个面向行处理的编辑器，可以和正则表达式配合使用，附上较全面的sed命令使用教程。

4、awk 截取行的指定长度字符串

less test.gz |awk '{if(NR%2==1){print}else{print substr($1,1,75)}}' | gzip -c test.part.gz

说明：对test.gz文件指定行截取75bp，原来是150bp

5、对n行的第三列求和，求平均值

grep -v ‘#’ test.vcf |sed -n '20,35p' |awk -F '\t' '{sum+=$3;n++}END{print sum,sum/n}'

(linux 一行命令计算速度比Python快，简单计算喜欢用linux命令)

记得随时整理使用过的命令，没学过linux，靠着各种帖子，随时需要随时补给，有点懒。

linux之文本内容替换命令sed

sed简介：流编辑工具，用来对文本进行过滤与替换操作。

sed流程：sed通过一次仅读取一行内容来对某些指令进行处理后输出。

1、sed通过文件或管道读取文件内容，但sed默认并不直接修改源文件，而是将读入的内容复制到缓冲区中，称之为模式空间。

2、所有的指令操作都是在模式空间找那个进行

3、sed根据相应的指令对模式空间中的内容进行处理并输出结果，默认输出至标准输出（即屏幕上）。

sed基本语法格式：

用法：sed[选项]...{脚本指令}[输入文件]...

选项： -version 显示sed版本

-help ：显示帮助文档

-n,-quiet,-silent静默输出，默认情况下，sed程序在所有的脚本指令执行完毕后，将自动打印模式空间中的内容。

-e script允许多个脚本指令被执行

-f script-file从文件中读取脚本指令，对编写自动化脚本程序很实用

-i ,-in-place 该选项直接修改源文件

-l N 该选项指定l指令可以输出的行长度，l指令为输出非打印字符。

-posix 禁用GNU sed扩展功能。

-r 在脚本指令中使用扩展正则表达式。

-s，-separate 默认情况下，sed将把输入的多个文件名作为一个长的连续的输入流。而GNU sed则允许把它们当作单独的文件。

-u，-unbuffered 最低限度的缓存输入与输出

a，append表示追加指令；

i，insert表示插入指令；

d，delete表示删除指令；

s，substitution表示替换指令。

sed脚本指令的基本格式是：

[地址,即路径]命令（有些命令仅可以对一行操作，有些可以对多行操作），命令也可以用花括号进行组合，使命令序列可以作用于同一个地址。

address{

command1

command2

command3

}

sed的基本工作方式是：

sed的替换命令s：

1、全局替换 ： s/old/new/g ，其中g为全局替换，用于替换所有出现的次数； /如果和正则匹配的内容冲突可以使用其他符号，如 ： s@old@new@g

2、标志位

为什么要有多行模式: 配置文件一般有单行出现，但也有使用json或XML格式的配置文件，为多行出现。

多行模式处理命令N、D、P

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