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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
让客户满意是我们工作的目标,不断超越客户的期望值来自于我们对这个行业的热爱。我们立志把好的技术通过有效、简单的方式提供给客户,将通过不懈努力成为客户在信息化领域值得信任、有价值的长期合作伙伴,公司提供的服务项目有:空间域名、网页空间、营销软件、网站建设、大田网站维护、网站推广。
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
在命令行里显示文本文件内容:
cat:在命令行里显示文本文件内容,可以滚屏的(但是不方便把内容输出到其他文件,所以一般脚本内部都用cat,less可以在调用脚本的时候用)。
less:在命令行里编辑文本文件。
vi:在图形界面打开文本文件。
gedit,kate等等:在图形界面打开任意文件或者url(gnome)。
命令作用
grep、fgrep和egrep命令这组命令以指定模式搜索文件,并通知用户在什么文件中搜索到与指定的模式匹配的字符串,并打印出所有包含该字符串的文本行,在该文本行的最前面是该行所在的文件名。grep命令一次只能搜索一个指定的模式;egrep命令检索扩展的正则表达式(包括表达式组和可选项);fgrep命令检索固定字符串,它不识别正则表达式,是快速搜索命令。
linux 命令行中cat命令可以直接打开我们想要查看的文件内容。比如part1.txt文件是一首诗词,可以用此命令:[lichao@localhost test]$ cat part1.txt
扩展资料:
linux 命令行中查看文件类型:
file是一个非常便捷的命令,用它可以探测文件的字符编码。如下我们创建了两个文件
[lichao@localhost test]$ ls -l
total 288
-rw-rw-r--. 1 lichao lichao 4 Aug 24 15:31 abc.txt
-rw-rw-r--. 1 lichao lichao 285310 Aug 24 15:26 all.txt
通过file命令来查看下文件的字符集编码:
[lichao@localhost test]$ file abc.txt
abc.txt: ASCII text
[lichao@localhost test]$ file all.txt
all.txt: UTF-8 Unicode text, with CRLF, CR, LF line terminators
[lichao@localhost test]$
其中 abc.txt 是 ASCII 编码,而 all.txt 是 UTF-8 编码,这有助于我们在打开含有中文的文件时,定位出现乱码的原因。
find,用于在文件树中查找文件并作相应的处理
-name:按照文件名查找文件
-perm:按照文件权限查找文件
-user:按照文件属主来查找文件
-size:按照指定的文件大小查找文件【+n:大于,-n:小于,n:等于】
-group:按照文件所属的组来查找文件
-mtime-n+n:按照文件更改时间来查找文件,-n表示n天之内,+n表示n天以前
-newer file1 file2:查找更改时间在file1和file2之间的文件
例如:
find -mtime -2:查找48小时修改过的文件
find -name ".log":查找当前目录以".log"结尾的文件
find /opt/soft/test -perm 777:查找指定目录下权限为777的文件
find -type f -name "*.log":查找当前目录下以".log"结尾的普通文件
find -type d | sort:查找当前所有目标目录并排序
find /home/wansw -size +20M:查找大于20M的文件
locate指令,可以快速定位文件路径,利用事先建立的系统中的所有文件名称和路径的locate数据库,无需遍历整个文件系统,查询速度较快,为了保证查询准确性,需要定期更新。《Linux就该这么学》
updatedb:第一次运行前,创建locate数据库
grep,用于过滤/搜索指定字符串。可以使用正则表达式,能配合多种命令使用。
用法:grep 【选项】 查找内容 源文件
-A:显示符合的行及之后的内容
-B:显示符合的行及之前的内容
-C:显示符合的行及前后的内容
-c:计算符合的行数目
-n:显示匹配行和行号
-i:忽略大小写
规则表达式
:'grep'表示匹配所有以grep开头的行
'表示匹配所有以grep结尾的行
.:'gr.p'表示匹配'gr'后面接任意字符然后是'p'
:'grep'表示匹配一个或多个空格后紧跟grep的行
[]:[Gg]rep表示匹配Grep与grep
[]:[A-FH-Z]rep表示匹配不以A-F、H-Z开头并紧跟rep的行
例如(grep命令大多数时候多要和别的命令一起使用才有意义):
ps -ef | grep -c SVN:查找指定的进程的个数
cat test.txt | grep -f test2.txt:从text2.txt中读取关键字后在test.txt中搜索
cat test.txt | grep nf text2.txt:从text2.txt中读取关键字后在text.txt中搜索并显示行号
grep 'linux' text.txt test2.txt:从多个文件中搜索关键字'linux'
cat test.txt | grep -E 'ed|at':显示包含ed或at的行