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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
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通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
我们在linux系统下面经常需要编辑并保存文件,那么如何操作呢?下面我给大家分享一下。
工具/材料
linux系统
01
首先进入linux系统以后右键单击桌面,选择Open In Terminal选项,如下图所示
02
接下来在弹出的终端命令行界面中通过vi命令打开要编辑的文件,如下图所示
03
进入编辑器以后我们按下insert键进入插入模式,如下图所示,这时可以编辑内容
04
最后编辑完内容以后按ESC键退出编辑模式,接着按冒号键,然后输入保存并退出,如下图所示
vi 文件
i在当前光标插入
o在下一行插入
ESC退出编辑模式后wq保存退出
1.如图,vi 文件名,接着按回车即可打开对应的文件,如果没有对应的文件,那么vi命令就会自动创建一个新的。
2.如图,vi打开文件后是命令模式状态,要用i或者a命令才可进入可编辑的状态哟。这里我就按a进入了编辑模式了哦。
3.如图,在编辑模式的情况下敲完内容,这个时候就应该保存文件了。保存文件要按esc,这样就会退回vi的命令模式喔。
4.按完esc后输入冒号(英文的),然后就转换到了末行模式了,末行模式决定是否保存文件。
5.如图所示,末行模式下可以按x来保存,x命令可以保存编辑好的文件哟。
6.也可以用到wq来保存,如果是q!则不保存哦,这点要自己谨记在心,这里我就保存一下vi编写的文件。
7.然后查看,查看用到了cat 文件名哦。
8.如图所示,vi编写的内容可以看到,这表明保存成功。
1、linux保存并退出命令。
2、linux命令行保存并退出。
3、linux中保存退出和不保存退出的命令。
4、linux退出命令。
1."linux保存并退出命令,为您提供linux保存并退出命令图文信息,先按键盘上面的ESC按键,接着输入冒号,然后再输入wq并回车即可保存退出,另外只输入冒号和q为不保存退出,而输入!q为强制退出,!wq为强制保存退出。
在linux终端下用命令编辑一个文件并保存的具体操作步骤如下:
1、首先打开命令控制台找到要编辑的文件,执行命令ls看看下面有几个文件,我这个下面有个index.php文件。
2、然后执行命令vi index.php。
3、这个时候如果想修改这个文件的内容,按下间键盘上的'i'键,最下方就会变成INSERT,就可以修改了。
4、写个echo的代码进行保存 Esc+:+wq 这个是保存,回车保存。
5、保存完成以后,再次打开这个文件会发现刚才写入的代码已经保存到里面了。
6、不保存的命令Esc+:+q!,通过以上步骤即可实现在linux终端下用命令编辑一个文件并保存。