HLAreporter软件有什么用

这篇文章主要为大家展示了“HLAreporter软件有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“HLAreporter软件有什么用”这篇文章吧。

企业建站必须是能够以充分展现企业形象为主要目的，是企业文化与产品对外扩展宣传的重要窗口，一个合格的网站不仅仅能为公司带来巨大的互联网上的收集和信息发布平台，创新互联公司面向各种领域：成都自上料搅拌车等网站设计、成都全网营销解决方案、网站设计等建站排名服务。

在前面的文章中，我们详细介绍了HLA Allel的命名格式，示意图如下

HLAreporter软件有什么用

从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出了字段三，即CDS区信息，代表是8位的分型结果；如果分型结果给出了最后的后缀，代表是9位的分型结果。

HLA分型的技术手段很多，比如芯片，高通量测序等；不同手段识别到的HLA Allel 分辨率不同，如果只能给出2位的分型结果，则属于低分辨率；如果给出4位分型结果，属于中分辨率；能够给出8位或以上分型结果，属于高分辨率。

本篇文章主要介绍HLA reporter 软件，该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高，最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果

HLAreporter软件有什么用

可以看到，在测试样本中，HLAreporter 软件分型结果由于HLAminer 的结果。该截图来自于官方文献，链接如下

https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-015-0145-3

软件的官网如下

http://paed.hku.hk/genome/software.html

安装过程如下

wget http://paed.hku.hk/genome/software/HLAreporter.zip
unzip HLAreporter.zip
cd HLAreporter.v103

HLAreporter.sh就是该软件的运行脚本。其原理如下

HLAreporter软件有什么用

由于HLA的多态性，直接比对reads到参考基因组是不行的，HLAreporter 设计了一个CRP(comprehensive reference panel)参考基因组 , CRP 构建时参考了IMGT/HLA 数据库中已知的HLA Allel信息，通过bwa将reads与CRP比对，提取比对到某个HLA基因的reads,然后进行组装，将组装的contig与数据库比较，确定最终的Allel。

该软件的用法如下

bash HLAreporter.sh test HLA_B test.R1.fq test.R2.fq

第一个参数test代表样本名称；第二个参数代表检测的HLA基因，第三个和第四个参数代表双端测序的fastq序列。

整个pipeline 分成了3个部分

1. bwa 比对 CRP 数据库

当你提供了原始的fastq 数据时，会自动调用4digit_map_HLA.sh脚本进行比对
该脚本核心内容如下

bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $1 > $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai
bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $2 > $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai
bwa sampe exon23_high_resolution_multi_ref.fa $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $1 $2 > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam
samtools view -bS $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam
samtools view -b -F 4 $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam
samtools sort $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted
samtools index $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam

$1和$2分别对应双端测序的R1和R2端reads, $3表示样本名称，通过调用bwa sampe，将原始的双端reads与exon23_high_resolution_multi_ref.fa比对，生成exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam 文件。

2. 识别HLA Allel

对于HLA-A , HLA-B, HLA-C 这三个I型基因而言，调用4digit_predict_classI_ssake.sh脚本；对于HLA II 型基因，调用4digit_predict_classII_main.sh脚本。

3. 给出Allel 在不同人群中的频率

利用ANFD数据库中的信息，给出每个Allel在不同人群中的频率，通过脚本HLAfreq.sh实现。

最终输出结果保存在results目录下，示意如下

------------------------------------------------------------------
HLAreporter version 1.03
Report created
Fri Apr 17 11:24:24 HKT 2015
------------------------------------------------------------------
Allele
    DRB1*01:01:01G
Allele
    DRB1*04:07:01G
Phase
    DRB1*04:08:01
Alleles detected
DRB1*01:01:01G
DRB1*01:17
DRB1*04:08:01
DRB1*04:07:01G
Gap location:
97    208
Non-polymorphic gap:
111 bp
HLA data quality profile:
10xcov%    100    20xcov%    100    30xcov%    97    50xcov%    89
------------------------------------------------------------------
HLA allele frequency
Four populations in Europe China Japan Africa are shown
By allele frequency net database (www.allelefrequencies.net)
------------------------------------------------------------------
[Allele]    [EUR]    [CHN]    [JPN]    [AFR]
DRB1*01:01    0.0860    0.0230    0.0582    0.0130
DRB1*04:07    0.0112    0.0030    0.0057    0.0030
DRB1*04:08    0.0039    0.0020    0.0000    0.0000
DRB1*01:17    0.0000    0.0000    0.0000    0.0000

HLAreporter目前只支持对以下11个基因的分型

HLA_A
HLA_B
HLA_C
HLA_DRB1
HLA_DRB2
HLA_DRB3
HLA_DRB4
HLA_DRB5
HLA_DQB1
HLA_DPB1
HLA_DQA1

以上是“HLAreporter软件有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！

当前名称：HLAreporter软件有什么用
文章路径：http://6mz.cn/article/gjecge.html

网站建设知识

HLAreporter软件有什么用

1. bwa 比对 CRP 数据库

2. 识别HLA Allel

3. 给出Allel 在不同人群中的频率

其他资讯