soapdenovo2怎么安装配置
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soapdenovo是由华大开发的组装工具，主要用于动植物基因组等大型基因组的组装，也可以用于细菌/真菌基因组组装。对于大型基因组装而言，需要的硬件资源特别多，建议内存在150G以上。
安装过程如下
wget https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/r241.tar.gz tar xzvf r241.tar.gz cd SOAPdenovo2-r241/ make
编译成功后，会生成如下3个可执行文件
SOAPdenovo-63mer
SOAPdenovo-127mer
SOAPdenovo-fusion
前2个可执行文件用于组装, 63mer代表支持的kmer最大长度为63，127mer代表支持的kmer最大长度为127，除了支持的kmer长度不同外，其他用法完全
相同。
SOAPdenovo由以下几个子命令构成
pregraph
sparse_pregraph
contig
map
scaff
all
前5个子命令对应了soapdenovo组装的5个步骤，all命令表示一次执行以上的5个步骤；在组装时，既可以依次执行每一个步骤，也可以直接使用all命令，一次运行所有步骤。
soapdenovo需要一个配置文件，配置文件分成两个部分，全局配置和每个文库的配置。全局配置目前只有一个参数max_rd_len, 如果序列大于该长度，会被切成该长度，然后在分析。
每个文库的配置以[LIB]开头，主要指定输入文件的路径，支持多种格式的输入文件，用不同的前缀表示， q代表输入序列为fastq格式；f代笔输入序列为fasta格式，b代表输入文件为bam格式，对于双端数据，分别用后缀1和2表示R1端和R2端的reads。
除了输入文件路径外，还包含以下几个参数的设置
avg_ins
文库插入片段的平均长度，在实际设置时，可以参考文库size分布图，取峰值即可reverse_seq
是否需要将序列反向互补，对于pair-end数据，不需要反向互补，设置为0；对于mate-pair数据，需要反向互补，设置为1asm_flags
1表示只组装contig. 2表示只组装scaffold,3表示同时组装contig和scaffold,4表示只补gaprd_len_cutof
序列长度阈值，作用和max_rd_len相同，大于该长度的序列会被切除到该长度rank
设置不同文库数据的优先级顺序，取值范围为整数，rank值相同的多个文库，在组装scaffold时，会同时使用。pair_num_cutoff
contig或者scaffold之前的最小overlap个数，对于pair-end数据，默认值为3；对于mate-paird数据，默认值为5map_len
比对长度的最小阈值，对于pair-end数据，默认值为32；对于mate-pair数据，默认值为35
配置文件示例如下
max_rd_len=100 [LIB] avg_ins=200 reverse_seq=0 asm_flags=3 rd_len_cutoff=100 rank=1 q1=fastq1_read_1.fq q2=fastq1_read_2.fq
软件基本用法如下
SOAPdenovo-63mer all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix
运行成功后，会生成很多文件，其中有两个文件是组装的结果，后缀分别为contig和scafSeq，对应contig和scaffold。
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