ubuntu配置R语言环境

1. ubuntu进不去root，貌似是每次开机时默认root密码都会产生一个新的。

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  使用sudo passwrd重置root密码

2. apt-get install r-base

3. apt-get  install  r-base-dev

4. 安装成功。

5. 安装Rstudio

下载安装包安装

下载 R-3.2.2.tar.gz

解压：

1. tar 

   -zvxf 

   R-2.13.0.tar.gz 

    

配置：

1. cd 

   R-2.13.0 

    

2. ./configure 

   --prefix=/home/xxx/R 

   --enable-R-shlib 

    

    

prefix设置R的安装路径，enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

如果提示G77错误

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   build-essential 

    

2. sudo 

   apt-get 

   install 

   gfortran 

    

如果提示错误：configure:error:--with-readline=yes(default)...

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   libreadline6-dev 

    

如果提示错误：configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   libxt-dev 

    

安装：

1. make 

    

2. make 

   install 

    

link到bin目录下：

1. cd 

   /bin 

    

2. sudo 

   ln 

   -sv 

   /home/xxx/R/bin/R 

    

至此安装完毕。

------------------------------------------------------

安装pkg：

终端下输入：R

1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 

    

2. biocLite() 

    

默认将安装一下几个包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上别的包的话，可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如：

1. biocLite(c("copula", 

   "pspline")) 

    

安装CRAN上的包

1. install.packages(c("pkg1", 

   "pkg2")) 

    

来安装（pkg1和pkg2为需要安装的包）。
------------------------------------------------------

编辑器：

1.直接shell。终端输入R，就进入R命令行了。

2.安装GUI：Rcmdr

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   r-cran-rodbc 

    

2. sudo 

   apt-get 

   install 

   r-cran-rcmdr 

    

运行R后，library(Rcmdr)就可以打开图形界面。

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