ceRNA数据库的简单介绍
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在ceRNA调控网络中，miRNA起到了桥梁的作用，通过和各种RNA分子结合，从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下
http://starbase.sysu.edu.cn/index.php
该数据库提供了以下几种类型的信息
miRNA target
RNA-RNA相互作用
ceRNA调控网络
RNA和蛋白的结合信息
根据研究方法的不同，对应5个不同的导航栏菜单
1. miRNA target
首先通过GEO数据库下载AGO蛋白的CLIP-seq测序结果，进行peak calling分析得到miRNA结合位点, 再利用targetscan等多款软件的预测结果，与CLIP数据分析结果取交集，得到最终的miRNA结合位置信息，从而确定miRNA和其他RNA分子之间的相互作用信息。
通过导航栏的miRNA target菜单，可以查看以下4种类型的miRNA靶标信息
miRNA-mRNA
miRNA-lncRNA
miRNA-circRNA
miRNA-pseudogene
miRNA-sncRNA
结果示意如下
2. Degradome-RNA
通过GEO数据库中的降解组测序数据分析miRNA的靶标信息，结果示意如下
3. RNA-RNA
从GEO数据库中下载LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的测序数据，分析得到RNA分子之间的相互作用信息，通过导航栏的RNA-RNA菜单，可以查看以下4种类型的RNA分子互作信息
miRNA-RNA
mRNA-RNA
lncRNA-RNA
pseudigene-RNA
sncRNA-RNA
检索结果示意如下
4. ceRNA network
通过导航栏的ceRNA-network菜单，可以查看ceRNA网络信息，分成了以下3种类型
mRNA-ceRNA
lncRNA-ceRNA
pseudogene-ceRNA
对于每个ceRNA关系对，利用超几何分布计算p值，公式如下
N代表ceRNA网络中的miRNA总数，K代表该基因结合的miRNA个数，n代表构成ceRNA关系的另外一个基因结合的miRNA个数，c代表两个基因共同结合的miRNA个数，v2版本的数据库可以查看具体的miRNA个数信息，示意如下
ceRNA检索的结果示意如下
5. RBP-RNA
和miRNA target类似，通过GEO数据库下载RNA结合蛋白RBP CLIP-seq测序结果，进行peak calling分析得到结合位点信息,同时采用homer软件分析结合位点的motif，并根据靶基因提供了COSMIC数据库的疾病注释信息,对应以下三个导航栏的菜单
RBP-target
RBP-motfi
RBP-disease
结果示意如下
除了以上5种基本信息外，还提供了以下两种分析
1. pathway
对靶基因进行kegg富集分析，通过导航栏的pathway菜单，可以查看以下4种类型的富集分析结果
mirTarPathway
rbpTarPathway
rnaTarPathway
ceRnaPathway
检索结果示意如下
2. Pan-Cancer
利用TCGA中32种癌症类型对应的转录组数据，进行了pan-cancer分析，从检索结果中的pan-cancer列可以查看详细信息，示意如下
提供了两个基因的共表达分析结果，提供了散点图和箱线图两种展示形式，如下所示
通过starbase数据库，可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。
到此，关于“ceRNA数据库的简单介绍”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注创新互联网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
新闻标题：ceRNA数据库的简单介绍
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