gromacscpu版安装-创新互联

安装准备

10年积累的成都做网站、成都网站建设经验，可以快速应对客户对网站的新想法和需求。提供各种问题对应的解决方案。让选择我们的客户得到更好、更有力的网络服务。我虽然不认识你，你也不认识我。但先网站制作后付款的网站建设流程，更有龙岗免费网站建设让你可以放心的选择与我们合作。

1. cmake2.8.8 or later

2. C,C++

 3.gromacs包

http://www.gromacs.org/Downloads

安装步骤

1. tar xfz gromacs.tar.gz

2. cd gromacs

3. mkdir build

4. cmake ../

   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安装目录

   -DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s 指定执行文件后缀 默认为gmx（串行单精度），gmx_mpi（并行单精度），gmx_mpi_d(并行双精度)

   -DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s      库文件后缀

   -DGMX_MPI=ON                            使用mpich编译器build

   -DGMX_OPENMP=ON                    使用openmpi编译器build

   -DGMX_SIMD=None                 specify the level of SIMD support of the node on
      which mdrun will run

   -DGMX_X11=ON

   -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF     关掉默认后缀

   -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc     指定C++编译器

   -DCMAKE_C_COMPILER=icc           指定C编译器

   -DBUILD_SHARED_LIBS=ON            构建共享库

   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON        -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON    打开双精度默认单精度

   CUDA版需加参数

   -DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

   2>&1 | tee cmake.log

5. make && makeinstall

 gromacs4.6.7及之前版本执行文件有100多个，在gromacs5.0到5.0.7之间应该是想逐步对执行命令进行集成，所有的命令都作为gmx命令的软链接出现，在5.1版本之后就只有gmx一个命令了

 cpu版测试命令

 source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash  ###环境变量

 mpirun -np 4 gmx_XXX_s mdrun -s md.tpr -ntomp 1

 cuda版测试命令待更新

另外有需要云服务器可以了解下创新互联scvps.cn，海内外云服务器15元起步，三天无理由+7*72小时售后在线，公司持有idc许可证，提供“云服务器、裸金属服务器、高防服务器、香港服务器、美国服务器、虚拟主机、免备案服务器”等云主机租用服务以及企业上云的综合解决方案，具有“安全稳定、简单易用、服务可用性高、性价比高”等特点与优势，专为企业上云打造定制，能够满足用户丰富、多元化的应用场景需求。

当前名称：gromacscpu版安装-创新互联
链接分享：http://6mz.cn/article/edggc.html