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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
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通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
echo命令的意思是在显示器上显示一段文字,起到提示的作用。
该命令的常规格式为:echo [-n]字符串
选项n表示没有换行符的输出; 该字符串可以带引号或不带引号。 使用echo命令输出带引号的字符串时,请按原样输出该字符串; 当使用echo命令输出未加引号的字符串时,请将字符串中的每个单词作为字符串输出,并用每个字符串之间的空格分隔。
扩展资料:
linux echo命令在shell编程中经常使用,并且在终端下打印变量值时也经常使用。
echo命令的功能说明:显示文字。
语言语法:echo [-ne] [string]或echo [--help] [-version]。
附加说明:echo将输入字符串发送到标准输出。 输出字符串由空格字符分隔,并在末尾添加换行符。
参数:-n 不要在末尾换行。
一、vi编辑器有3种基本工作模式
分别是:命令模式、文本输入模式、和末行模式。
第一:命令行模式:
该模式是进入vi编辑器后的默认模式。任何时候,不管用户处于何种模式,按下ESC键即可进入命令模式。在该模式下,用户可以输入vi命令,用户管理自己的文档。此时从键盘上输入的任何字符都被当作编辑命令来解释。若输入的字符是合法的vi命令,则vi在接受用户命令之后完成相应的动作。但需要注意的是,所输入的命令并不回显在屏幕上。若输入的字符不是vi命令,vi会响铃报警。
第二:文本输入模式:
在命令模式下输入命令i、附加命令a、打开命令o、修改命令c、取代命令r或替换命令s都可以进入文本输入模式。在该模式下,用户输入的任何字符都被vi当作文件内容保护起来,并将其显示在屏幕上。在文本输入过程中,若想回到命令模式下,按ESC键即可。
第三:末行模式:
末行模式也称ex转义模式。在命令模式下,用户按“:”键即可进入末行模式下,此时vi会在显示窗口的最后一行(通常也是屏幕的最后一行)显示一个“:”作为末行模式的说明符,等待用户输入命令。多数文件管理命令都是在此模式下执行的(如把编辑缓冲区的内容写到文件中等)。末行命令在执行完后,vi自动回到命令模式。如果要从命令模式转换到编辑模式,可以键入a或者i。如果需要从文本模式返回,则按ESC即可。在命令模式下输入“:”即可切换到末行模式,然后输入命令。
实例演示
首先我们使用命令 vi filename 打开一个文件,这个时候进入到的是命令模式
接下来我们按i,然后键盘随便输入写内容。
然后按ESC重新进入到命令模式。
在命令模式的情况下,我们按:,进入到了末行模式。
我们输入wq!,然后回车,强行保存退出。
下次我们再打开对应文件(可用less filename命令打开),即可看到内容已经更改。
补充:
(1)末行模式下:q! 【强制退出不保存】 q【退出不保存】 wq【退出并保存后面也可以加个!】
(2)如果你不想保存直接退出有可以在命令模式下使用“ctrl+z”快捷键或者按住“shift”键,输入两个z即可退出。
更多命令
进入vi的命令:
vi filename :打开或新建文件,并将光标置于第一行首
vi +n filename :打开文件,并将光标置于第n行首
vi + filename :打开文件,并将光标置于最后一行首
vi +/pattern filename:打开文件,并将光标置于第一个与pattern匹配的串处
vi -r filename :在上次正用vi编辑时发生系统崩溃,恢复filename
vi filename….filename :打开多个文件,依次进行编辑
屏幕翻滚类命令:
Ctrl+u:向文件首翻半屏
Ctrl+d:向文件尾翻半屏
Ctrl+f:向文件尾翻一屏
Ctrl+b;向文件首翻一屏
nz:将第n行滚至屏幕顶部,不指定n时将当前行滚至屏幕顶部。
插入文本类命令:
i :在光标前
I :在当前行首
a:光标后
A:在当前行尾
o:在当前行之下新开一行
O:在当前行之上新开一行
r:替换当前字符
R:替换当前字符及其后的字符,直至按ESC键
s:从当前光标位置处开始,以输入的文本替代指定数目的字符
S:删除指定数目的行,并以所输入文本代替之
ncw或nCW:修改指定数目的字
nCC:修改指定数目的行
删除命令:
ndw或ndW:删除光标处开始及其后的n-1个字
do:删至行首
d$:删至行尾
ndd:删除当前行及其后n-1行
x或X:删除一个字符,x删除光标后的,而X删除光标前的
Ctrl+u:删除输入方式下所输入的文本
搜索及替换命令:
/pattern:从光标开始处向文件尾搜索pattern
?pattern:从光标开始处向文件首搜索pattern
n:在同一方向重复上一次搜索命令
N:在反方向上重复上一次搜索命令
:s/p1/p2/g:将当前行中所有p1均用p2替代
:n1,n2s/p1/p2/g:将第n1至n2行中所有p1均用p2替代
:g/p1/s//p2/g:将文件中所有p1均用p2替换
撤销回退命令:
u 撤销上一步的操作
Ctrl+r 恢复上一步被撤销的操作
选项设置:
all:列出所有选项设置情况
term:设置终端类型
ignorance:在搜索中忽略大小写
list:显示制表位(Ctrl+I)和行尾标志($)
number:显示行号
report:显示由面向行的命令修改过的数目
terse:显示简短的警告信息
warn:在转到别的文件时若没保存当前文件则显示NO write信息
nomagic:允许在搜索模式中,使用前面不带“\”的特殊字符
nowrapscan:禁止vi在搜索到达文件两端时,又从另一端开始
mesg:允许vi显示其他用户用write写到自己终端上的信息
末行模式命令:
:n1,n2 co n3:将n1行到n2行之间的内容拷贝到第n3行下
:n1,n2 m n3:将n1行到n2行之间的内容移至到第n3行下
:n1,n2 d :将n1行到n2行之间的内容删除
:w :保存当前文件
:e filename:打开文件filename进行编辑
:x:保存当前文件并退出
:q:退出vi
:q!:不保存文件并退出vi
:wq:保存并退出
:!command:执行shell命令command
:n1,n2 w!command:将文件中n1行至n2行的内容作为command的输入并执行之,若不指定n1,n2,则表示将整个文件内容作为command的输入
:r!command:将命令command的输出结果放到当前行
寄存器操作:
“?nyy:将当前行及其下n行的内容保存到寄存器?中,其中?为一个字母,n为一个数字
“?nyw:将当前行及其下n个字保存到寄存器?中,其中?为一个字母,n为一个数字
“?nyl:将当前行及其下n个字符保存到寄存器?中,其中?为一个字母,n为一个数字
“?p:取出寄存器?中的内容并将其放到光标位置处。这里?可以是一个字母,也可以是一个数字
ndd:将当前行及其下共n行文本删除,并将所删内容放到1号删除寄存器中。