linux安装r包的命令 linux安装R包
如何在linux环境下安装R包
RPM 安装操作 命令： rpm -i 需要安装的包文件名 举例如下： rpm -i example.rpm 安装 example.rpm 包； rpm -iv example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过程中显示正在安装的文件信息； rpm -ivh example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过...
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Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错
最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行操作（），在操作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：
运行后出现报错信息如下：
解决步骤1：
重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see ”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp，操作命令如下
解决步骤2：
接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装
解决步骤3：
接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装，操作命令如下
解决步骤4：
最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。
linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio server
cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本
wget
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
6.安装
make
make install
安装成功！
R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。
q() ##退出R编辑
7.安装R-studio-server
wget
yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm
8.R-studio-server的一些命令
rstudio-server start ##启动 rstudio
rstudio-server stop ## 关闭rstudio
rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态
运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动
rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误
rstudio-server restart ##重启
ifconfig ##查看服务器ip地址。
查看运行中R进程
rstudio-server active-sessions
指定PID，停止运行中的R进程
rstudio-server suspend-session pid
停止所有运行中的R进程
rstudio-server suspend-all
强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行
rstudio-server force-suspend-session pid
rstudio-server force-suspend-all
RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示
rstudio-server offline
RStudio Server临时上线
rstudio-server online
8.rstudio-server系统设置
主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改）
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改
www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0
rstudio-server restart
vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30#会话超时时间
r-cran-repos= #CRAN资源库
rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。
9.通过浏览器连接Rstudio-server
直接打开浏览器，输入;服务器ip:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。
这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：
（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录
（2）.用户的认证可以使用RSA。
如果没有普通用户，可以添加：
useradd newname # 添加一个名为newname的用户
passwd newname ###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。
usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，
在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。
10可能存在的问题
10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来
rstudio-server verify-installation
There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that
it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not
configure with --enable-R-shlib.
这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.
这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".
使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。
10.2 普通用户无法启动rstudio-server
sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令
这时会需要输入密码并提示
xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.
如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。
su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。
chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限
vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。
找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)
youuser ALL=(ALL) ALL
%youuser ALL=(ALL) ALL
youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
%youuser ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL
chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限
Linux安装基本命令
Linux安装基本命令大全
Linux常用命令，你还能记得多少呢?下文是我为大家准备的Linux常用命令，一起来看看吧!
安装升级
查看软件xxx安装内容
dpkg -L xxx
查找软件库中的软件
apt-cache search 正则表达式
或
aptitude search 软件包
显示系统安装包的统计信息
apt-cache stats
显示系统全部可用包的名称
apt-cache pkgnames
显示包的信息
apt-cache show k3b
查找文件属于哪个包
dpkg -S filename
apt-file search filename
查看已经安装了哪些包
dpkg -l
也可用
dpkg -l | less
翻页查看
查询软件xxx依赖哪些包
apt-cache depends xxx
查询软件xxx被哪些包依赖
apt-cache rdepends xxx
增加一个光盘源
sudo apt-cdrom add
系统更新
sudo apt-get update (这一步更新包列表)
sudo apt-get dist-upgrade (这一步安装所有可用更新)
或者
sudo apt-get upgrade (这一步安装应用程序更新，不安装新内核等)
清除所有已删除包的残馀配置文件
dpkg -l |grep ^rc|awk '{print $2}' |sudo xargs dpkg -P
如果报如下错误，证明你的系统中没有残留配置文件了，无须担心。
----------------------------------------------------------
dpkg: --purge needs at least one package name argument
Type dpkg --help for help about installing and deinstalling packages [*];
Use `dselect' or `aptitude' for user-friendly package management;
Type dpkg -Dhelp for a list of dpkg debug flag values;
Type dpkg --force-help for a list of forcing options;
Type dpkg-deb --help for help about manipulating *.deb files;
Type dpkg --license for copyright license and lack of warranty (GNU GPL) [*].
Options marked [*] produce a lot of output - pipe it through `less' or `more' !
----------------------------------------------------------
编译时缺少h文件的自动处理
sudo auto-apt run ./configure
查看安装软件时下载包的临时存放目录
ls /var/cache/apt/archives
备份当前系统安装的所有包的列表
dpkg --get-selections | grep -v deinstall ~/somefile
从上面备份的安装包的列表文件恢复所有包
dpkg --set-selections ~/somefile
sudo dselect
清理旧版本的软件缓存
sudo apt-get autoclean
清理所有软件缓存
sudo apt-get clean
删除系统不再使用的孤立软件
sudo apt-get autoremove
如果使用
sudo apt-get autoremove --purge
的话会把这些孤立软件的残留配置文件也一并移除
查看包在服务器上面的地址
apt-get -qq --print-uris download 软件包名称 | cut -d\' -f2
彻底删除Gnome
sudo apt-get --purge remove liborbit2
彻底删除KDE
sudo apt-get --purge remove libqt3-mt libqtcore4
一键安装 LAMP 服务
sudo tasksel install lamp-server
删除旧内核
sudo aptitude purge ~ilinux-image-.*\(\!\(`uname -r`\|generic-.*\)\)
导入ppa源的'key值
#W: GPG签名验证错误： jaunty Release: 由于没有公钥，下列签名无法进行验证： NO_PUBKEY 5126890CDCC7AFE0
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver keyserver.ubuntu.com 5126890CDCC7AFE0 #5126890CDCC7AFE0替换为你需要导入的Key值
增加 add-apt-repository 命令
sudo apt-get install software-properties-common
增加一个ppa源
sudo add-apt-repository ppa:user/ppa-name
#使用 ppa 的地址替换 ppa:user/ppa-name
添加163镜像源
sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs` main restricted universe multiverse"
sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs`-updates main restricted universe multiverse"
sudo add-apt-repository "deb `lsb_release -cs`-security main restricted universe multiverse"
系统升级
1 这里指的是版本间的升级，例如 9.04=10.04。
2 使用该升级方式通常需要使用 backports 源。
sudo apt-get update
sudo apt-get install update-manager-core
sudo do-release-upgrade
系统
查看内核
uname -a
查看系统是32位还是64位
#查看long的位数，返回32或64
getconf LONG_BIT
#查看文件信息，包含32-bit就是32位，包含64-bit就是64位
file /sbin/init
或者使用
uname -m
查看Ubuntu版本
lsb_release -a
或 cat /etc/lsb-release
查看内核加载的模块
lsmod
查看PCI设备
lspci
查看USB设备
lsusb
#加参数 -v 可以显示USB设备的描述表(descriptors)
lsusb -v
查看网卡状态
sudo apt-get install ethtool
sudo ethtool eth0
激活网卡的 Wake-on-LAN
sudo apt-get install wakeonlan
或 sudo ethtool -s eth0 wol g
查看CPU信息
cat /proc/cpuinfo
显示当前硬件信息
sudo lshw
查看内存型号
sudo dmidecode -t memory
获取CPU序列号或者主板序列号
#CPU ID
sudo dmidecode -t 4 | grep ID
#Serial Number
sudo dmidecode | grep Serial
#CPU
sudo dmidecode -t 4
#BIOS
sudo dmidecode -t 0
#主板：
sudo dmidecode -t 2
#OEM:
sudo dmidecode -t 11
显示当前内存大小
free -m |grep "Mem" | awk '{print $2}'
查看硬盘温度
sudo apt-get install hddtemp
sudo hddtemp /dev/sda
显示系统运行时间
uptime
查看系统限制
ulimit -a
查看内核限制
ipcs -l
查看当前屏幕分辨率
xrandr
硬盘
查看块设备
lsblk
查看硬盘的分区
sudo fdisk -l
硬盘分区
#危险!小心操作。
sudo fdisk /dev/sda
硬盘格式化
#危险!将第一个分区格式化为 ext3 分区, mkfs.reiserfs mkfs.xfs mkfs.vfat
sudo mkfs.ext3 /dev/sda1
硬盘检查
#危险!检查第一个分区，请不要检查已经挂载的分区，否则容易丢失和损坏数据
sudo fsck /dev/sda1
硬盘坏道检测
sudo badblocks -s -v -c 32 /dev/sdb
#得到坏的块后，使用分区工具隔离坏道。
分区挂载
sudo mount -t 文件系统类型 设备路经 访问路经
#常用文件类型如下： iso9660 光驱文件系统, vfat fat/fat32分区, ntfs ntfs分区, smbfs windows网络共享目录, reiserfs、ext3、xfs Linux分区
#如果中文名无法显示尝试在最後增加 -o nls=utf8 或 -o iocharset=utf8
#如果需要挂载後，普通用户也可以使用，在 -o 的参数後面增加 ,umask=022 如：-o nls=utf8,umask=022
分区卸载
sudo umount 目录名或设备名
只读挂载ntfs分区
sudo mount -t ntfs -o nls=utf8,umask=0 /dev/sdb1 /mnt/c
可写挂载ntfs分区
sudo mount -t ntfs-3g -o locale=zh_CN.utf8,umask=0 /dev/sdb1 /mnt/c
挂载fat32分区
sudo mount -t vfat -o iocharset=utf8,umask=0 /dev/sda1 /mnt/c
挂载共享文件
sudo mount -t smbfs -o username=xxx,password=xxx,iocharset=utf8 //192.168.1.1/share /mnt/share
挂载ISO文件
sudo mount -t iso9660 -o loop,utf8 xxx.iso /mnt/iso
查看IDE硬盘信息
sudo hdparm -i /dev/sda
查看软raid阵列信息
cat /proc/mdstat
参看硬raid阵列信息
dmesg |grep -i raid
cat /proc/scsi/scsi
查看SATA硬盘信息
sudo hdparm -I /dev/sda
或
sudo apt-get install blktool
sudo blktool /dev/sda id
查看硬盘剩余空间
df
df --help 显示帮助
查看目录占用空间
du -hs 目录名
闪盘没法卸载
sync
fuser -km /media/闪盘卷标
使用文件来增加交换空间
#创建一个512M的交换文件 /swapfile
sudo dd if=/dev/zero of=/swapfile bs=1M count=512
sudo mkswap /swapfile
sudo swapon /swapfile
#sudo vim /etc/fstab #加到fstab文件中让系统引导时自动启动
/swapfile swap swap defaults 0 0
查看硬盘当前读写情况
# 首先安装 sysstat 包
sudo apt-get install sysstat
#每2秒刷新一次
sudo iostat -x 2
测试硬盘的实际写入速度
dd if=/dev/zero of=test bs=64k count=512 oflag=dsync
进程
查看当前的内存使用情况
free
连续监视内存使用情况
watch -d free
# 使用 Ctrl + c 退出
动态显示进程执行情况
top
top指令运行时输入H或?打开帮助窗口，输入Q退出指令。
查看当前有哪些进程
ps -AFL
查看进程的启动时间
ps -A -opid,stime,etime,args
查看目前登入用户运行的程序
w
查看当前用户程序实际内存占用，并排序
ps -u $USER -o pid,rss,cmd --sort -rss
统计程序的内存耗用
ps -eo fname,rss|awk '{arr[$1]+=$2} END {for (i in arr) {print i,arr[i]}}'|sort -k2 -nr
按内存从大到小排列进程
ps -eo "%C : %p : %z : %a"|sort -k5 -nr
列出前十个最耗内存的进程
ps aux | sort -nk +4 | tail
按cpu利用率从大到小排列进程
ps -eo "%C : %p : %z : %a"|sort -nr
ps aux --sort -pcpu |head -n 20
查看当前进程树
pstree
中止一个进程
kill 进程号(就是ps -A中的第一列的数字)
或者 killall 进程名
强制中止一个进程(在上面进程中止不成功的时候使用)
kill -9 进程号
或者 killall -9 进程名
图形方式中止一个程序
xkill 出现骷髅标志的鼠标，点击需要中止的程序即可
查看进程打开的文件
lsof -p 进程的pid
显示开启文件abc.txt的进程
lsof abc.txt
显示22端口现在运行什么程序
lsof -i :22
显示nsd进程现在打开的文件
lsof -c nsd
在後台运行程序，退出登录後，并不结束程序
nohup 程序
#查看中间运行情况 tail nohup
在后台运行交互式程序，退出登录后，并不结束程序
sudo apt-get install screen
screen vim a.txt
#直接退出后使用
screen -ls # 2208pxs-0.ubuntu (Detached)
screen -r 1656 #恢复
#热键，同时按下Ctrl和a键结束后，再按下功能键
C-a ? #显示所有键绑定信息
C-a w #显示所有窗口列表
C-a C-a #切换到之前显示的窗口
C-a c #创建一个新的运行shell的窗口并切换到该窗口
C-a n #切换到下一个窗口
C-a p #切换到前一个窗口(与C-a n相对)
C-a 0..9 #切换到窗口0..9
C-a a #发送 C-a到当前窗口
C-a d #暂时断开screen会话
C-a k #杀掉当前窗口
在后台运行交互式程序，退出登录后，并不结束程序
tmux 进入后再运行其它命令
tmux attach #恢复
#热键，同时按下Ctrl和b键结束后，再按下功能键
C-b c #创建一个新的运行shell的窗口并切换到该窗口
C-b n #切换到下一个窗口
C-b p #切换到前一个窗口(与C-a n相对)
C-b 0..9 #切换到窗口0..9
C-b d #暂时断开会话
C-b #杀掉当前窗口
详细显示程序的运行信息
strace -f -F -o outfile
增加系统最大打开文件个数
#ulimit -SHn
sudo vim /etc/security/limits.conf
文件尾追加
* hard nofile 4096
* soft nofile 4096
sudo vim /etc/pam.d/su
将 pam_limits.so 这一行注释去掉
重起系统
清除僵尸进程
ps -eal | awk '{ if ($2 == "Z") {print $4}}' | xargs sudo kill -9
将大于120M内存的php-cgi都杀掉
ps -eo pid,fname,rss|grep php-cgi|grep -v grep|awk '{if($3=120000) print $1}' | xargs sudo kill -9
Linux系统中如何限制用户进程CPU占用率
renice +10 `ps aux | awk '{ if ($3 0.8 id -u $1 500) print $2}'`
#或直接编辑/etc/security/limits.conf文件。 ;
Linux系统R语言安装（Ubuntu 18.04，apt安装）
首先创建CPAN的环境
然后进行R语言主程序的安装：
将CRAN上R包的index读取到本地：
R包安装（示例）：
以上
【生信基础】conda 安装R和R包
conda 安装R环境，主要命令如下：
2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行
3.安装所需要的包
4.关闭此环境
安装完R环境后，export 相应的path，如下
安装相关的包，例如ballgown：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ballgown")
注意，如果不export 相应的path，R安装包时很容易找不到相应的程序，如：
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found
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